Bio-informatique
Principes d'utilisation des outils

Sommaire et contenu du livre "Bio-informatique - Principes d'utilisation des outils"

Sommaire Avant-propos III Généralités Fiche 1. Bio-informatique et bio-analyse: définitions 3 Fiche 2. Quelques généralités sur les gènes et les génomes 5 Banques et bases de données en biologie Fiche 3. Introduction Il Fiche 4. Banques généralistes 13 Fiche 5. Bases de données spécialisées de génomes complets 16 Fiche 6. Bases de données dédiées aux expériences àgrande échelle 20 Fiche 7. Bases de données dédiées à des familles de séquences 25 Fiche 8. Généralités sur les outils de recherche, d'analyse et de visualisation 27 Fic he 9. Outils d'interrogation de données: databank browsers 29 Fiche 10. Outils de navigation génomique: genome browsers 35 Pour en savoir plus 43 Alignement des séquences Fiche Il. Principes 49 Fiche 12. Alignements graphiques et programmation dynamique 57 Fiche 13. BLAST 66 Fiche 14. Statistiques de BLAST et E-value 70 Fiche 15. Pièges de BLAST 72 Fiche 16. Filtrage des séquences et recherche de motifs avec BLAST 75 Fiche 17. Différentes variantes de BLAST 78 Fiche 18. FASTA 80 Fiche 19. Introduction à l'alignement multiple 82 Fiche 20. Principales méthodes d'alignement multiple 85 Fiche 21. Alignement multiple: ClustalW 88 Fiche 22. Alignement multiple: ClustalW en ligne de commande 93 Fiche 23. Alignement multiple: DIALIGN 94 Fiche 24. Alignement multiple: T-Coffee 99 Fiche 25. Alignement multiple: MUSCLE 104 Fiche 26. Alignement multiple: MAFFT 106 Fiche 27. Choix d'un logiciel d'alignement multiple 113 Pour en savoir plus 115 Domaines protéiques Fiche 28. Domaines, modules ou motifs protéiques et leurs bases de données 119 Pour en savoir plus 127 Reconstruction phylogénétique Fiche 29. Introduction 131 Fiche 30. Méthodes basées sur les matrices de distances 135 Fiche 31. Méthodes basées sur le principe de parcimonie 140 Fiche 32. Méthodes basées sur le maximum de vraisemblance 143 Fiche 33. Estimation de la robustesse 145 Fiche 34. Choix d'une méthode 148 Pour en savoir plus 150 Annotation des génomes Fiche 35. Introduction 155 Fiche 36. Prédiction des séquences codantes et chaînes de Markov 158 Fiche 37. Annotation structurale, ou syntaxique 166 Fiche 38. Introduction à l'annotation fonctionnelle 174 Fiche 39. Limites de l'annotation des génomes 176 Fiche 40. Introduction à ['annotation fonctionnelle in silica 179 Fiche 41. Annotation fonctionnelle in silica par recherche d' homologies 182 Fiche 42. Annotation fonctionnelle in silica: alignement de paires de séquences 186 Fiche 43. Annotation fonctionnelle in si/ica: alignement multiple de séquences 188 Fiche 44. Annotation fonctionnelle in silico: méthodes de reconnaissance par repliements 193 Fiche 45. Annotation fonctionnelle in silico: Fiche 46. Annotation fonctionnelle in siLico: Fiche 47. Annotation fonctionnelle in siLico: conservation de la fonction et similarité de séquences 197 propriétés intrinsèques des séquences 199 exploitation du contexte des gènes 202 Fiche 48. Conclusions sur l'annotation fonctionnelle in siLico 207 Pour en savoir plus 209 Comparaison des génomes Fiche 49. Introduction 215 Fiche 50. Événements de spéciation et de duplication 217 Fiche 51. Orthologie et paralogie 221 Fiche 52. Processus de comparaison des génomes 224 Fiche 53. Classification des espèces tenant compte de leur contenu génétique 227 Pour en savoir plus 230 Analyse du transcriptome Fiche 54. Définition des séquences sonde pour la PCR et pour les puces à ADN 235 Fiche 55. Introduction à l'analyse statistique Fiche 56. Méthodes de l'analyse statistique Fiche 57. Analyse statistique des expériences sur le transcriptome: Fiche 58. Analyse statistique des expériences sur le transcriptome: des expériences sur le transcriptome 244 des expériences sur le transcriptome 246 signification statistique 255 représentations graphiques 259 Pour en savoir plus 266 Coordonnées des auteurs ., 269