Génomique
1er cycle PCEM-PCEP
Une aide à l'acquisition des connaissances-l'outil idéal de préparation aux examens grâce a une approche synthétique du cours-un manuel petit et léger, donc pratique à transporterLes notions de base de Génomique en moins de 140 pagesCet ouvrage a été conçu pour [...]
[lire le résumé du livre]
Auteur : Sophie GAUDRIAULT , Rachel VINCENT
Editeur : De Boeck Superieur
Collection : Mémento sciences
Date parution : 10/2009sous 4 à 8 jours
CB Google/Apple Pay, Chèque, Virement
Quel est le sujet du livre "Génomique"
Une aide à l'acquisition des connaissances
-l'outil idéal de préparation aux examens grâce a une approche synthétique du cours
-un manuel petit et léger, donc pratique à transporter
Les notions de base de Génomique en moins de 140 pages
Cet ouvrage a été conçu pour faciliter les révisions en rassemblant les idées-clés. il est écrit de façon simple, pour faciliter la lecture, la compréhension et l'assimilation. Les éléments importants sont mis en avant afin de faciliter la mémorisation et la synthèse, et des focus permettent de préciser ou d'enrichir une notion de base.
Les schémas aident à la compréhension des notions complexes et donnent une vision d'ensemble.
Chargé de Recherche 1 à l'Institut Nationale de la Recherche Agromique. Laboratoire de rattachement : UMR 1133 - Ecologie Microbienne des Interactions Hôte-Pathogène, Montpellier.
Docteur en biologie (Montpellier). A effectué des travaux de recherche dans plusieurs laboratoires à l'INRA et au CNRS.
Cette synthèse sur l'évolution de la génomique aborde la révolution technologique de l'ère génomique et les techniques d'étude du transcriptome et du protéome.
Format Prix Aspect synthétique et pratique
Sommaire et contenu du livre "Génomique - 1er cycle PCEM-PCEP"
Introduction IXChapitre 1. Connaissances des g?mes dans ['? pr??mique 1
1.1
Structure des g?mes. . ........... . 1
1.1.1
G?mes procaryotes. ....... ... 1
1.1.2
G?mes eucaryotes. .... .......... ... .4
1.2
Dynamique des g?mes .......... . 9
1.2.1
R?ication. .. ...... 9
1.2.2
Int?ation et excision plasmidique chez les bact?es. ... 11
1.2.3
Les remaniements chromosomiques. ......... . 12
Chapitre 2. Les techniques de s?en?e... ... 19
2.1
Les premi?s techniques de s?en?e. un prix Nobel 19
2.1.1
La technique de Maxam et Gilbert. .. ........... . 19
2.1.2
La technique de Sanger ............ ...20
2.2
Automatisation de la m?ode de Sanger. .. .. .. .. .. ... .. .. .. .24
2.3
Les nouvelles techniques de s?en?e 25
2.3.1
La technique de pyros?en?e .. ............................... . 26
2.3.2
La technique de s?en?e Iffumina 28
2.3.3
Comparaison des techniques. .... .. 29
Chapitre 3. S?en?e de g?mes complets . .37
3.1
Strat?e al?oire ou « shot gun ». ... 37
3.1.1
La construction des banques 37
3.1.2
La phase de « shotgun ". . .......... 38
3.1.3
L'assemblage.............. . .39
3.1.4
La finition. .......................... ..................... ..39
3.2
Strat?eordonn?u «cloneparclone »....... .40
3.2.1
?ablissement d'une carte physique recouvrant l'ensemble du g?me... 40
3.2.2
S?en?e selon la strat?e « shotgun" d'un ensemble minimal
de grands clones chevauchant.. ......... ..... .... .... ..... .... .40
Chapitre 4. L'annotation des g?mes.. .47
4.1
Annotation syntaxique: la recherche d'objets g?tiques .48
4.1.1
Principe. . .. 48
4.1.2
La recherche de signaux de s?ence codante chez les procaryotes. ..49
4.1.3
La recherche de signaux de s?ences codantes chez les eucaryotes 52
4.1.4
Analyse du contenu en base des s?ences codantes. .... ...55
4.1.5
Des m?odes informatiques pour l'annotation syntaxique. . 56
4.2
Annotation fonctionnelle: la recherche de fonctions potentielles. 57
4.2.1
Les outils de comparaison de s?ence. . .58
4.2.2
Les bases de donn? consult?.. . 58
4.2.3
D?loppement d'un langage unifi?our l'annotation 61
4.3
Annotation relationnelle. ............ . 63
Chapitre 5. La comparaison g?mique... ...67
5.1
Relations d'homologie entre les g?s.. ... 67
5.1.1
Homologie et identit?e s?ence .. 67
5.1.2
Homologie et origine ancestrale .... ... 68
5.1.3
Classifications fonctionnelles des prot?es. . 70
5.1.4
Phylog?mique . 70
5.2
Relations de synt?e entre les g?mes............. . 71
5.2.1
D?nition de la synt?e . .............................. ... 71
5.2.2
Plate formes informatiques d'?de de la synt?e 71
5.2.3
La synt?e comme aide ?'annotation. ................................ ... 73
5.2.4
La synt?e comme marqueur de proximit?hylog?tique. . .73
5.2.5
La synt?e comme marqueur d'?nements chromosomiques .74
Chapitre 6. La g?mique fonctionnelle.................. .. 79
6.1
Les analyses transcriptomiques . 79
6.1.1
Les techniques fond? sur la migration ?ctrophor?que 80
6.1.2
Les techniques fond? sur l'hybridation. .......... . 80
6.1.3
Les techniques fond? sur le s?en?e en masse 90
6.2
Les analyses prot?iques .. . 91
6.2.1
La s?ration des prot?es 92
6.2.2
L'identification des prot?es. ................ . 94
6.3.
Les analyses des interactions mol?laires.. . 97
6.3.1
Les puces ?rot?es.. . ...... .. .. .. 98
6.3.2
La ChlP-Seq 99
Chapitre 7. La g?mique: transformation d'un outil
de production massive d'informations
en l'?boration de nouvelles connaissances ....107
7.1.
Une nouvelle vision de l'organisation du r?e du vivant 108
7.1.1
Complexit?es organismes et complexit?es g?mes. . 108
7.1.2
Complexit??mique et nombre de g?s. .. . 109
7.1.3
La m?g?mique, une nouvelle vision de la diversit?icrobienne 110
7.2
Une nouvelle vision de la structure des g?mes bact?ens 112
7.2.1
Op?n et colocalisation de g?s. . 112
7.2.2
Domaines chromosomiques. .. 113
7.2.3
Biais de composition de la s?ence et biais de distribution des g?s 114
7.2.4
La plasticit?ous contr?des g?mes bact?ens 117
7.3.
Une nouvelle vision de la notion de g? eucaryote 117
7.3.1
Le projet ENCODE. ............ ........... .............. .. 118
7.3.2
Mise en ?dence d'un grand nombre de longs transcrits 119
7.3.3
Mise en ?dence d'une r?lation dispers?120
7.3.4
Mise ?our de la d?nition du g?. ........................... ... 120
Index . . 123
PDF 0 Ko)
